在這追求卓越大學議題的聲浪中，許多指標型大學為五年五百億的經費而不得不粉墨登場為五斗米而折腰，這也有些無奈，但也從中嗅覺出政治與高等教育共構的有趣訊息，然而是否投入大量經費就能創造出國際一流大學的議題則莫衷一是，這其中牽涉有高等教育終極目標問題、國際一流大學之定義為何，當然還有大學結構面的問題，其中最嚴肅的議題莫過於就是大學財務制度。值臨大學法修正案與行政法人專章、大學校務基金條例修正案、大學校務基金管理與監督辦法修正案等法案的變革，大學財務制度的確是應該有所新的格局與展望。本文首先即是從大學值臨上述法案變革中，大學財務變革走向進行背景評論與分析；進而對大學財務制度在面臨上述法案的變革前後之組織功能分析，同時就內部控制（包括財務控制與管理控制）之內容進行討論，論及績效檢核與成本效益分析的必要性與可行性，本文最後建議將現階段的大學會計室之編制與功能做一結構性的調整，轉化為財務規劃室，設財務執行長，其主要功能除現有財務預算概算編列之外，尚需要內部控制與績效檢核、財務調度、財務目標與校務發展目標之達成等功能。