國立大學校務基金之實施，為教育部研擬規劃多年的重要施政理念，早已自八十五會計年度開始試辦實施。對國立大學院校而言，校務基金不僅是財務制度上的改革，其影響層面實已涉及學校未來之營運及發展。

校務基金實施迄今已有四年，對於各校在校務基金制度下，能否依據校務基金制度調整預算執行，是否有效開闢裁員與籌措經費，以及是否妥善運用與管理基金等，皆為政府相關部會急欲瞭解之課題；因此本研究旨在建立客觀的績效考核制度，用以衡量各校實施校務基金之績效，一則做為各校內部自我檢討及追蹤執行成果之參考，更可作為各校互相比較及改進之依據。

本研究除了分析校務基金之架構模式，訪談學者專家探究校務基金之實務運作之外，並透過問卷調查瞭解各校對於績效評估實施方式、原則與流程之建議，最後透過期中、期末報告與各校代表之審議討論後，建立校務基金考核制度，並提出具體之基金績效考核手冊。

在考核制度設計上，本研究提出校務整體發展規劃面、組織運作制度面、預算決算管理制度面、營運作業管理制度面、基金收支結構面等五大構面分別考核，在考核作業方式，本研究建議分成自我考核、書面審查與實地考核三階段實施；至於考核之結果僅作分類、分等第而不分名次，以輔導代替懲處，績優者列為各校觀摩參考之對象，如此藉由各校自我要求與相互觀摩比較，逐步建立績效考核的自律精神。