九年一貫課程綱要對各學習領域的實施，僅強調應掌握統整之精神，並未明示應採整領域的合科教學或領域內的分科教學，此頗為困擾學校教育人員。本文首先探討九年一貫課程改革在課程組織結構上的調整及課程綱要在領域教學實施規定上的演變，接著比較美、英、法、日、中、澳6國小學和前期中等教育的學科或學習領域設置情形，然後分析一次全國性教育人員意見調查的結果，最後提出有關九年一貫課程學習領域合科或分科教學及領域重新調整的綜合性結論與建議。這些結論與建議包括：1.課程綱要宜明訂學習領域的合科或分科教學方式：小學應採合科教學，國中則採分科教學；2.適度調整學習領域或學科的設置：國小自然與生活科技改為自然科學，自小三起另設生活科技，至國中階段自然科學分化為2至3個學科，生活科技分化為1至2個學科；國小的藝術與人文自小三起分設音樂和美術兩個領域，並延續至國中階段，亦可於國中階段再將音樂分化為音樂和表演藝術兩科；國小的社會和健康與體育均可照舊，然至國中階段均應再於領域內分化出2至3個學科；3.強化綜合活動領域的跨學科、跨領域學習內涵，以培養學生的科際整合能力及一些重要的跨學科知能。