大學法於民國八十三年初修正，讓大學享有自治與自主之權力，並擔負相對之責任。這些權力與責任中，包括財務自主之權力與責任。表彰學校財務自主之「國立大學校院校務基金設置條例」（以下簡稱設置條例），於八十八年二月三日公布施行，自此之後，國立大學院校皆應實施校務基金制度。

這些學校訂定、評估與修訂其內部控制制度，為實施校務基金制度的重要配套措施之一。本研究的目的，即在協助這些學校評估其現行的內部控制制度，作為修訂該制度之參考。

學校內部控制的整體架構，應本內部控制之三項目標（營運有效率及有效果、財務報導可靠、及遵循法令）及五個組成要素（控制環境、風險評估、控制作業、資訊與溝通、以及監督）為經緯來設計，本研究即依此經緯建立評估表，作為建議學校自行評估其內部控制之參考。該表如本研究報告之表6.5。

為求建議更為可行，本研究並將評估表作成問卷，徵詢54所已實施或將實施校務基金之國立大專院校（含二校區寄出二份問卷者）及37所私立大學院校之意見。截至八十八年六月十日止，共收到回函九份。回函率偏低，其原因，可能有：問卷太長、等待回函時間太短、問卷收受者工作太忙、回函期間適逢預算編製期，或對校務基金仍持遲疑態度等。回函之主要意見，有：以校長之理念治校，是否會使學校淪為人治？學校若採企業化之經營原則，是否會使學校只追求短期「利潤」等？另有人建議，在評估時，應增添對儀器設備使用率之追蹤、辨明負責薪資扣繳義務之人選等。此外，部分回函也透露對校務基金鬆綁配套措施之期待及對現行法令規定之不滿。

營運作業是被控制的標的，因此談內部控制，無法忽略營運作業，於是，本研究列舉南北兩c大財務作業流程的現況惟該二大學的財務作業流程方式，並非唯一標準，亦非範例，各校可參酌該二校之作業方式及本研究所建議之內部控制整體架構及評估原則，就自己的發展目標、組織、人力及所處環境，設計自己適用之營運作業流程。

內部控制之實行，靠「人」的行動，而「人」肯付諸行動的誘因，又繫於人有控制意識，因此，本研究分析兩個內部控制失敗之專科學校案例，以突顯未注意內部控制之嚴重後果，期喚起人的控制意識。本研究評估內部控制失敗之個案，亦在辨認內部控制容易失敗之「控制點」，該等「控制點」的資訊即用以建構本研究所建議的評估表。雖然用以分析之案例資料並不完全，僅有會議記錄，會議記錄之附件、及發生爭端雙方主動提供之資訊而已，但參考此等資料而建構之評估表，已可於學校設計及評估其內部控制時，提供參考。

學校內部控制的建立與實施，首需學校最高管理階層的認同及支持，故對於學校之內部控制制度，校長應承擔除會計、人事及政風人員之選派外，不可推卸之最後責任。此外，由分析內部控制失敗個案學校，亦可發現每位教職員工之操守與能力，亦為內部控制成敗的重要關鍵因素。教職員工的「勾結」，與管理階層在毋須介入之情形下也違背既定規章，都使內部控制之施行失敗，故須定期評估內部控制。定期評估可以發現內部控制的設計或執行過嚴或過寬之缺失，並知改進的方向。

不過，縱使如此，內部控制仍有其先天的限制。目前有效的內部控制充其量，只能合理保證學校目標可以達成，而無法保證學校的目標必可達成。

本研究之回函顯示，教育行政主管機關在推動實施校務基金制度之學校評估與設計其內部控制前，須先加強溝通，以減輕學校的疑慮與推行的阻力。