國家教育研究院從2009年開始成立「理念學校之論述建構與實踐」專案，希望藉此專案能扮演體制內外、主流與另類教育之間的對話及協作平臺，發揮整合功能，並匯聚所有關心教育的進步力量，共同建構理念學校之「教育協力網絡」，以｢對話｣、「支持」與「協作」的態度，透過「研究論述」、「社群經營」與「實踐建構」等策略，深化理念學校推動的理論與實踐，為臺灣教育創新與發展結合各方力量協伴同行、共同努力。
本專案第一階段(2009-2011年)推動主軸有三：(1)發展理念學校論述、(2)開展理念學校實踐行動、(3)建構理念學校對話平臺。在「發展理念學校論述」中，共計完成10篇專題研究，舉辦4場研討會，並出版《教育的藍天－理念學校的追尋》專書。在「開展理念學校實踐行動」中，共舉辦4場專題講座、9班次研習及師訓、並出版《理念特色故事100》及紀錄片「理念學校論述與實踐之一：特色學校與遊學教育影像故事－教育桃花源」。在「建構理念學校對話平臺」中，進行6次參訪見學，引入教育之外的公部門(例如日月潭風管處)及民間企業(例如飛牛、臺華窯…)等社會資源，從而豐富理念學校的內涵。
依據本階段之計畫目標與執行內容，達成以下的研究成果與影響：
1、 完成10篇專題研究報告，提供教育行政與學術研究之參考，有助理念學校之研究深化與政策決定，協助深化與推廣十二年國教之理念與願景，促進十二年國教之正常發展。
2、 於國家教育研究院電子報刊登2篇有關理念學校相關議題文章與活動報導，並持續維運理念學校專案網站，充實網站平臺與數位資源，擴大理念學校對話、社群與分享成果。
3、 舉辦9場理念學校研習，建立體制內外學校、公私部門對話及協作方案的實踐模式並累積智慧。
4、 完成2009-2011年理念學校專案的研究報告、研討會、論壇及各類出版品之數位化，使理念學校之研究成果更具實用性與參考性。
5、 參訪6個理念學校(含另類學校、特色學校及創擬學校)，進行見學訪問
6、 舉辦2場年度理念學校研討會、2場大型研討會暨觀摩展，分享研究成果，擴大理念學校發展與研究之能見度，藉此提升民眾對理念學校之關注。
7、 出版研究成果專書1本，影像紀錄片1部及相關出版品，分享國內研究成果。